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通风措施的主要目的是提供合适的空气质量和稳定的环境。具体来说通风措施可以提供足量的氧气排出因动物或工作人员呼吸、照明和设备运转而产生的热负荷稀释气态和粒态的污染物包括过敏原和病原体调节室内空气温湿度以及在需要时，在相邻空间间形成定向压差。然而确定室内大环境通风率并不能保证动物直接生活的小环境的充分通气。大小环境的差异很大程度上受到初级包围圈的结构类型的影响。例如，当动物饲养在开放式笼盒或栏圈中，大小环境几乎没有什么差别，而若生活在静态隔离笼具内，大小环境则可能天差地别。

通入动物饲养室的空气体积和物体特性及其扩散方式，都可以影响动物初级饲养区的通气状况，从而成为该小环境的重要决定因素。送风机和排气口的类型和位置与动物饲养室或其他次级饲养区内的初级饲养区的数量、布局、位置和类型之间的相互关系，将影响初级饲养区通气良好程度，故应给予重视。利用计算机模型来评定与热荷、空气扩散方式以及颗粒物运动的各种有
关因素，将有助于优化大小环境的通气方式。

快速的空气流动会带走动物的热量和水分，应避免让动物直接接触高速气流。如在室温20℃的情况下，风速达到18.3米/分钟的气流可以达到降低7℃的降温效果。初生恒温动物幼仔因为体表无被毛且体温调节机制还未发育健全，最忌贼风，突变无毛动物和半水生两栖类动
物也会因为吹风而失水干燥。

一般认为每小时10—15次换风以保持次级饲养区的空气质量，这是一个可行的通用指标，同时也可以保证小环境的空气质量。尽管该指标对于多数动物饲养设施都是行之有效的，但却未考虑到热荷的可能范围；相关动物种类、体型和数量；笼具和垫料的类型和更换频率；饲养室的大小；或从次级饲养区向初级饲养区的通风效率。在某些情况下，采用这种粗放的指标，有可能引起两方面的问题：或是在饲养少数动物的次级饲养区内通气过度成能源浪费；或在饲养大量动物的次级饲养区内通气不足以致环境湿热，污染积贮。

现代取暖通风空调系统，如变风量系统可以根据热荷值和其他变量值计算通风。这些系统在灵活性和节能方面有相当大的优势，但也应根据普通实验室的要求，提供最低通气量。

独立通风式笼盒#和其他类型的专业饲养笼具，既可以使用室内的过滤风也可以独立送风，这样无需增加大环境的送风量而有效地解决了动物的通风要求。但是也需注意到使用该类设备饲养时小环境中气流速度较高的问题。同时也应保证次级饲养区的通风，这样有助于初级饲养区热负荷、颗粒物、废（臭）气的排放。

若初级饲养区的通风系统有足量的过滤设备能够去除掉空气污染物，可使用再循环空气进行动物饲养室内通风，但一般还是倾向于将废（臭）气排入设施排风系统，以减少热负荷和减低污
染大环境的风险。

用于饲养某些类型啮齿动物的过滤隔离笼具没有强制排风，通风条件受到很大限制。为此可能有必要调整饲养管理措施进行补偿：包括卫生措施、换笼频率、选择合适的垫料、调整笼具安置位置及密度、降低笼内饲养密度，以及降低大环境相对湿度进而改善小环境条件以提高散热效率。

利用再循环空气进行动物饲养室的通风，可以大大节约能源，但也存在着一些风险。许多动物的病原体可以通过空气传播，也可通过尘埃之类传播。如果将排出的空气再循环通入取暖通风空调装置供应多房舍的通风，就有可能造成交叉污染。而来自非动物使用区域（如人员居住区域、饲料、垫料和供给贮存区域）的循环风的过滤和调制就可能不必像对动物使用区域的空气再循环那样严格。在某些情况下，如在灵长类区和生物危害区，需要慎重考虑循环风的使用。用于再循环的排出风应经过不低于85%-95%的效率的过滤器过滤，以确保去除气源性粒子。根据空气的来源、组成以及使用循环风的比例，我们也应考虑对挥发性物质（动物室中动物粪便挥发出的氨气以及其他气体）的过滤。需要定期对过滤装置的过滤效率、运转以及完整度进行检测评估，以确保空气质量（如控制生物危害物），保证人员和动物的安全。

对于各种取暖通风空调装置，包括二级饲养区的装置，要求定期进行检查、维修和保养，以确保其顺利运行。测试指标包括供气量排气量、温湿度调节功能、静压差以及一些重要机械操作
参数。