1．转基因小鼠培育  显微注射通常会产生多个(2～10个)转基因始建鼠(founder)。转基因的随机插入使每个转基因小鼠都不一样，需要建立不同系，以得到表达水平各异的稳定遗传的转基因小鼠品系。

2．基因敲除或敲入小鼠培育  首先要考虑小鼠的遗传学背景。常用的小鼠为C57BL/6和BABL/c，将出生的嵌合小鼠与所需要的遗传学背景小鼠交配产生基因敲除纯合子或杂合子品系：①如果ES细胞是来源于129小鼠，用C57BL/6宿主胚胎产生嵌合小鼠，与C57BL/6小鼠交配产生 C57BL/6×129 F1背景。ES细胞来源的仔鼠的肤色为黑毛有浅黄色；容易与宿主C57BL/6的纯黑毛色区别。如果需要129系背景，与129系小鼠交配很快可得到纯的遗传学背景。由于没有颜色的变化，必须用PCR鉴定突变基因修饰过的小鼠。②如果ES细胞来源于C57BL/6遗传背景，最好选用白化毛色的宿主胚胎，如白化C57BL/6系列(C57BL/6-Tyrc-2J或C57BL/6-A c-Brd)。